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施設案内小笠原海洋センターは展示館と飼育・孵化施設に大きく別れています。
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①展示館
②ホール
③ウミガメ水槽
④ウミガメ水槽
⑤ニタリクジラ骨格標本
⑥戦遺品・戦前の民具
⑦淡水ガメ池
⑧ウミガメ水槽
⑨イケス跡
⑩産卵場
⑪ふ化場
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①展示館世界のウミガメの生態と進化、分布状況などを写真やパネルで分かりやすく解説。同じく、これまで調査してきたザトウクジラの生態やアオウミガメの骨格標本、アカボウクジラの頭骨なども展示しています。また、オリジナルグッズの販売も行っています。
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②ホール、③④ウミガメ水槽展示館を出てすぐに広々としたホールがあり、ウミガメ水槽が2槽あります。ホールにある2槽と、ホール外にある水槽では、通年アオウミガメ250～300頭と、この他、タイマイやアカウミガメも飼育しています。
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⑤ニタリクジラ骨格標本
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| 1983年7月29日に母島近海で捕獲されたニタリクジラより作られました。体長：11.9ｍ メス
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⑥戦遺品・戦前の民具
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| 太平洋戦争当時の軍用品や民具が小笠原には今でもあちこちに残っています。その一部を展示しています。
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⑦淡水ガメ池
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| ウミガメと体の特徴を比較して観察できるように飼育されています。
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⑧アオウミガメ水槽小笠原海洋センターでは、アオウミガメの生残率をあげるため、短期育成放流事業を行っています。そのため館内の水槽では通年250～300頭の子ガメが飼育されています。この子ガメたちは、半年から1年育られた後、放流されます。この他、1歳～20歳以上の幅広い年齢のアオウミガメを飼育しいる水槽群もあります。
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⑨イケス跡、⑩産卵場、⑪ふ化場2008年まで、小笠原村協力のもと、ウミガメ漁師さんより譲っていただいた野生の母ガメ10頭を、4月～8月の産卵期に収容しておき、付属の浜で産卵をしてもらっていました。しかし近年天然浜の産卵巣が増加傾向にあるため、2009年にこの事業に終止符を打ち、イケスを撤去して野生の母ガメに産卵場を開放しました。
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