小笠原海洋センターは、アオウミガメをはじめとする小笠原の生物の保護に尽力するため（財）東京都海洋環境保全協会により1982年4月に開設しました。以来、特にアオウミガメやザトウクジラなどの海洋生物の生態の研究・解明に尽力し、それぞれの結果は世界的な評価も得ています。 2001年3月に運営母体である（財）東京都海洋環境保全協会が解散したことに伴い、施設や資料などの財産は小笠原村に譲渡されましたが、センター事業の運営と施設管理に関しては、NPO法人日本ウミガメ協議会が2001年4月から2006年3月まで行ない、2006年4月からはNPO法人エバーラスティング・ネイチャーが実施し、現在に至っています。2002年には、20年間潮風にさらされた外部壁が修繕され、展示館もさらに充実しました。

調査研究業務・展示館業務・教育啓蒙活動など業務内容は多岐にわたり、島内の関係機関や島民の皆様のご理解・ご支援をいただきながら、「カメセンター」の愛称で親しまれ、情報の発信、教育・交流の場として島内外の皆様に幅広く利用されています。